벤처기업 인증받고 취득세, 재산세, 법인세까지 3종 세제혜택받은 고객 컨설팅 사례

벤처기업 확인으로 각종 세금 감면, 정부 지원, 투자 혜택까지 누릴 수 있는 것은 널리 알려져 있습니다.

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하지만 막상 추진하려 하면 복잡한 절차와 높은 심사 기준 그리고 가장 주요 혜택인

세제 혜택 요건에 막혀 포기하시는 분들이 많습니다.

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올해 2월부터 진행하여 4월에 마무리된 케이스로

벤처기업 확인을 통해 취득세 2억원 이상의 세금 감면받은 실제 사례를 소개해 드립니다.

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본 게시물은 2025년 4월 15일 기준으로 세무사가 직접 작성한 포스팅입니다.

관련 업무 의뢰 또는 상담은 본 게시물 하단에 카톡 채널 또는 연락처로 부탁드립니다.

 

 

 

벤처기업 확인이 중요한 이유

벤처 확인 기업에 대한 우대지원제도는 다양한 분야에 있습니다. 세금, 금융, M&A, 창업, 입지, 특허, 인력, 광고 등의 분야에서 다양한 우대 지원 제도가 있습니다. 이 중 가장 파격적인 제도인 세금 관련 혜택을 살펴보겠습니다.

 

 

1. 창업 벤처기업 법인세 감면

• 제조업, 통신판매업 등 조세특례제한법에서 규정하는 18개의 업종 중 하나로 창업한 중소기업이
• 창업일로부터 3년 이내 벤처기업 인증을 받은 경우
• 최초 소득 발생한 사업연도로부터 5년간 해당 사업에서 발생한 법인세의 50%를 감면
  • 일반적인 세액 공제·감면은 최저한세*1 적용을 받습니다. 창업 벤처중소기업에 대한 법인세 감면 또한 같습니다.
  • 세액 공제·감면은 최저한세에 더하여 공제 또는 감면받는 세액의 20%에 상당하는 농어촌특별세를 납부하여야 하나, 창업 벤처중소기업에 대한 법인세 감면은 농어촌특별세 적용 대상 X

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*1 최저한세 → 각종 세액공제나 감면을 적용하여도 일정 수준 이상의 세액은 반드시 납부하도록 규정한 제도입니다. 중소기업의 경우, 과세표준의 7%를 최저한세로 합니다.

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2. 창업벤처기업 취득세 및 재산세 감면

• 제조업 등 지방세특례제한법에서 규정하는 업종으로 창업한 중소기업이
• 창업일로부터 3년 이내 벤처기업 인증을 받은 경우
• 벤처기업 인증일로부터 4년이내(청년창업벤처는 5년) 취득하는 사업용 부동산에 대한 취득세 75% 감면
• 추가로, 사업용 부동산에 대해 벤처기업 인증일로부터 3년간 재산세 면제, 이후 2년간 재산세 50% 경감

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※ 단, 해당 감면 등은 조세특례제한법 및 지방세특례제한법에서 규정하는 요건 충족 여부를 면밀히 검토한 이후에 적용하여야 하며, 감면받은 세액을 추징하는 사후관리 규정이 있기에 감면 이후의 지속적인 관리가 매우 중요합니다.

 

 

 

 

벤처기업 확인 신청 절차는?

벤처기업으로 다양한 정부 지원 사업과 혜택을 수혜 받고자 한다면 최우선적으로 벤처기업으로 확인을 받아야 합니다.

 

 

[STEP 1] 아래 사이트(벤처확인종합관리시스템) 링크를 통해 기업회원으로 회원가입.

 

벤처확인시스템, 벤처확인종합관리시스템

 

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[STEP 2] 벤처기업 확인 유형 선택

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▶ 연구개발유형: 기업부설연구소 운영 등 R&D 역량 중심 평가

▶ 혁신성장유형: 신기술 및 신사업 아이템 중심, 혁신성 평가

▶ 벤처투자유형: VC 등 적격투자기관으로부터 요건에 맞게 투자 받은 기업

▶ 각 기업별 적합한 유형이 다릅니다. 자세한 설명은 벤처확인종합관리시스템에서 제공되는 가이드북을 확인해 보시길 권장합니다.

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[STEP3] 벤처기업 확인 신청

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• 요구하는 서류와 사업계획서 제출 → 있는 그대로 제출하면 안 됩니다.
• 제출하는 서류와 사업계획서의 형식과 내용의 완성도가 매우 중요합니다.
• 복잡하고 까다로운 절차인 만큼, 풍부한 경험과 컨설팅을 통한 실제 성공 사례를 보유한 전문가에게 맡기는 것이 성공 가능성을 높이는 가장 현명한 방법입니다.
• 단순 요건 충족 여부를 보는 것이 아니라 서류의 정합성, 비즈니스 모델의 설득력 그리고 기술성·성장성 평가 등 확인 신청 유형에 따라 다방면으로 검토합니다.

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[번외] 연구소 설립과 벤처기업 확인

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• 많은 기업이 연구소 설립(R&D 관련 세액공제 및 감면 목적)과 벤처기업 인증을 함께 고려합니다.
• 두 가지 모두 기업의 혜택과 직결된 제도이지만, 벤처기업 확인이 훨씬 더 까다롭습니다.
• 연구소 설립을 통해 다양한 세제 혜택을 받을 수 있으나, 벤처기업 확인을 통해 누릴 수 있는 혜택도 이에 못지않게 크며, 경우에 따라 더 파격적인 혜택일 수 있습니다.
• 연구소 설립과 벤처기업 확인을 통해 달성하고자 하는 주목적이 세제 혜택이라면, 반드시 사전에 기초 세팅 준비를 통한 전략적 접근이 중요합니다.

 

 

감면 불가 판단 이후에도 취득세 2억원 이상 감면받은 비결?

고객사 대표님의 니즈에 맞게 벤처기업 확인 컨설팅을 도와드려 성공적으로 인증받아 취득세, 재산세, 법인세 감면받은 사례

 

 

 

■ 실제 고객 상황 소개

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1. 의뢰 법인은 사업 목적의 부동산을 취득하려 했으나, 해당 부동산이 취득세 중과세 대상에 해당되면서 예산을 크게 초과하게 되었습니다.
2. 관할 구청에 확인을 구했으나, "어떠한 감면도 적용할 수 없다"라는 회신을 받았고, 대안이 없어 보이던 상황에서 저희에게 상담을 의뢰해 주셨습니다.

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■ 수임 이후 업무 전개 과정

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1. 관련 법령, 예규 및 판례를 면밀히 검토한 결과, 유사한 사실관계를 가진 타 법인이 경정청구 및 불복과정을 통해 최종 취득세 감면을 받은 사례를 확인하였습니다.
2. 의뢰 법인 역시 유사한 사실관계를 가지고 있었으나, 초기 법인 설정 시 실질과 맞지 않는 부분이 있었고, 이에 대해 관련 기관에 질의회신 요청하여, 형식 상 오류를 실질에 맞게 사실관계를 정정하였습니다.
3. 정정된 내용을 바탕으로 벤처기업 확인 신청을 진행하였고, 컨설팅을 통해 약 6주간의 심사 과정을 거쳐 최종적으로 벤처기업 확인을 받았습니다.
4. 이후, 최초에 취득세 감면 적용이 불가하다는 안내를 하였던 관할 구청 동일한 담당자에게 약 50페이지 분량의 감면 의견서 및 관련 증빙자료를 제출하였고
5. 그 결과 2억원을 초과하는 취득세 감면은 물론, 향후 5년간 재산세 감면 혜택까지 최종 승인받았습니다.
6. 더불어, 의뢰 법인은 향후 5년간 해당 사업에서 발생하는 법인세의 50%까지 적용받을 수 있게 되었습니다.

 

 

 

 

■ 마무리

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국가기관의 판단이 항상 납세자 이익을 최우선으로 고려한다고 보기 어렵습니다. 그래서 각 영역별 전문가와 법정대리인의 존재가 필수적입니다. 세법은 단순 계산의 영역이 아닌 법의 해석과 적용의 영역이며, 전문가는 그 사이에서 해결책을 찾아내는 사람입니다.

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복잡한 사례일수록, 고객의 입장에서 상황을 분석하고, 탄탄한 법리적 근거로 대응하는 자세가 중요합니다. 이번 케이스 역시, 의뢰 법인 대표님과 제가 함께 만족스럽게 마무리할 수 있었습니다.

 

 

 

참고할 만한 관련 포스팅

■ 벤처기업 관련

 

 

벤처기업 법인세 계산방법, 세제혜택 및 그 밖의 혜택들

 

벤처기업의 정의, 유형 및 확인/인증 절차

 

■ 연구소 설립 및 R&D 세제혜택 관련

 

기업부설연구소의 설립 방법, 요건 그리고 혜택은?

 

R&D 연구인력개발비 세액공제 요건, 혜택, 신청방법 등

 

 

 

글을 맺으며

 

 

고객의 세무 고민을 같이 하고 제대로 처리 및 해결해 드리는 세무사를 찾고 있다면 연락 주십시오.

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복잡한 세금은 세무사에게 맡기고 사업에 전념하실 수 있도록 도와드립니다.

세무 기장 및 신고 / 연구소 설립 & 벤처기업 확인 /사업 현황 보고 / 사대보험 사무대행 / 지원금 혜택 등

귀 사업과 관련된 세무를 친절하고 자세히 안내해 드립니다.

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관련 상담 문의는 카톡 채널로 연락 부탁드립니다.

 

 

세무회계 성흠